加工区入境货物的减免税政策基本是参照保税区现有政策制定，没有新的优惠。但有以下几个方面的区别：
1.在功能上，加工区的功能单一，仅限于产品外销的加工贸易，但区内或设立少量为加工企业生产提供
服务的仓储企业以及经 海关 核准专门从事加工区内货物进出的运输企业。
2.国内原材料、物料等进入加工区视同出口， 海关 按照以出口货物的有关规定办理报关手续，并签发 出口退税 报关单 。区外企业凭 报关单 出口退税 联及有关凭证向税务部门办理出口退（免）税手续。
3.对加工区运往区外的货物， 海关 按照对进口货物的有关规定办理报关手续，并按制成品征税。
4.国家对区内加工出口的产品和应税劳务免征增值税、消费税。
